all:
	echo 'Stangle(file.path("src","sec02_dataAccess.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Stangle(file.path("src","sec03_figures.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Stangle(file.path("src","sec04_imageProcessing.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Stangle(file.path("src","sec05_convertData.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Stangle(file.path("src","sec06_rawDataProcessing.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Stangle(file.path("src","sec07_exampleInteractions.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Stangle(file.path("src","sec08_siRNAcorrelation.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Stangle(file.path("src","sec09_heatmaps.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Stangle(file.path("src","sec10_smallCellNumber.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Stangle(file.path("src","sec11_distributionOfInteractions.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Stangle(file.path("src","sec12_scatterplots.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Stangle(file.path("src","sec13_screenplots.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Stangle(file.path("src","sec14_table.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Stangle("HD2013SGI.Rnw")' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Sweave(file.path("src","sec02_dataAccess.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Sweave(file.path("src","sec03_figures.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Sweave(file.path("src","sec04_imageProcessing.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Sweave(file.path("src","sec05_convertData.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Sweave(file.path("src","sec06_rawDataProcessing.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Sweave(file.path("src","sec07_exampleInteractions.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Sweave(file.path("src","sec08_siRNAcorrelation.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Sweave(file.path("src","sec09_heatmaps.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Sweave(file.path("src","sec10_smallCellNumber.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Sweave(file.path("src","sec11_distributionOfInteractions.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Sweave(file.path("src","sec12_scatterplots.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Sweave(file.path("src","sec13_screenplots.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Sweave(file.path("src","sec14_table.Rnw"))' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	echo 'Sweave("HD2013SGI.Rnw")' | $(R_HOME)/bin/R --slave --vanilla
	$(R_HOME)/bin/R CMD pdflatex HD2013SGI.tex
	$(R_HOME)/bin/R CMD bibtex HD2013SGI
	$(R_HOME)/bin/R CMD pdflatex HD2013SGI.tex
	$(R_HOME)/bin/R CMD pdflatex HD2013SGI.tex
	make clean

#	$(R_HOME)/bin/R -e "tools::buildVignette(file.path("src", "sec02_dataAccess.Rnw"),latex=FALSE,tangle=TRUE,quite=FALSE,clean=FALSE)"
#	$(R_HOME)/bin/R -e "tools::buildVignette(file.path("src", "sec03_figures.Rnw"),latex=FALSE,tangle=TRUE,quite=FALSE,clean=FALSE)"
#	$(R_HOME)/bin/R -e "tools::buildVignette(file.path("src", "sec04_imageProcessing.Rnw"),latex=FALSE,tangle=TRUE,quite=FALSE,clean=FALSE)"
#	$(R_HOME)/bin/R -e "tools::buildVignette(file.path("src", "sec05_convertData.Rnw"),latex=FALSE,tangle=TRUE,quite=FALSE,clean=FALSE)"
#	$(R_HOME)/bin/R -e "tools::buildVignette(file.path("src", "sec06_rawDataProcessing.Rnw"),latex=FALSE,tangle=TRUE,quite=FALSE,clean=FALSE)"
#	$(R_HOME)/bin/R -e "tools::buildVignette(file.path("src", "sec07_exampleInteractions.Rnw"),latex=FALSE,tangle=TRUE,quite=FALSE,clean=FALSE)"
#	$(R_HOME)/bin/R -e "tools::buildVignette(file.path("src", "sec08_siRNAcorrelation.Rnw"),latex=FALSE,tangle=TRUE,quite=FALSE,clean=FALSE)"
#	$(R_HOME)/bin/R -e "tools::buildVignette(file.path("src", "sec09_heatmaps.Rnw"),latex=FALSE,tangle=TRUE,quite=FALSE,clean=FALSE)"
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#	$(R_HOME)/bin/R -e "tools::buildVignette("HD2013SGI.Rnw",latex=TRUE,tangle=TRUE,quite=FALSE,clean=FALSE)"
#	$(R_HOME)/bin/R CMD Sweave --pdf HD2013SGI.Rnw

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